胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是一种新兴的基因编辑技术,主要由四个关键成分构成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(Cytidine Deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(Uracil DNA Glycosylase Inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内进行组装,形成融合蛋白。在sgRNA的引导下,该融合蛋白能够与基因组DNA结合,使目标序列暴露为单链结构,进而通过胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U)。这一步骤通过DNA的复制或修复机制,最终将U转变为胸腺嘧啶(T),实现C-G碱基对到T-A碱基对的直接替换。
针对CBE过程中生成的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),研究人员开发了名为Detect-seq的脱靶检测技术。该技术的第一步是提取经过基因编辑的细胞基因组DNA,然后将CBE产生的dU进行生物素(biotin)标记,以便富集目标片段。同时,在dU的下游将正常的胞嘧啶(C)替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),再将d5fC化学标记为T。通过这种方式,测序时可以检测到许多串联的C-to-T突变,从而快速定位基因编辑的位点。
与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder相比,Detect-seq技术具有更高的灵敏度和特异性,且在脱靶检测上没有偏好性。它不仅能够检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶,还能识别sgRNA结合区域的外编辑(out-of-protospacer edits)以及靶向链编辑(target-stranded edits)中的脱靶现象。
在过去的两年中,尊龙凯时-人生就是博凭借其先进技术,打造了一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖了靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(细胞基础评估)、AID-seq脱靶检测(生化评估)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测以及全基因组测序脱靶检测等多种不同管线。此外,尊龙凯时还拥有SGS认证、ISO 9001质量体系认证和生物安全二级实验室等资质认证,能够持续稳定地为客户提供高效、安全的服务及优质产品。